Het kan zijn dat de pouch aan de kleine kant blijft door bijvoorbeeld littekenweefsel waardoor je vaker naar de wc moet.
Pouchitis komt ook soms om de hoek kijken. Dit is een ontsteking van de pouch. Het kan een lichte pouchitis betreffen, waarbij je bijvoorbeeld wat meer diarree hebt, vaker aandrang en wat moeheid. Het kan ook een zwaardere pouchitis zijn waarbij de klachten lijken op die van Colitis Ulcerosa (diarree met bloed- en/of slijmverlies, buikpijn, vaker aandrang, misselijkheid en moeheid). Pouchitis is over het algemeen goed te behandelen met antibiotica.
Om pouchitis te voorkomen (wat niet altijd lukt), kun je gebruik maken van VSL#3. Dit wordt echter meestal niet vergoed door het ziekenfonds en is erg duur. Goedkopere (maar minder bacteriën bevattende) alternatieven zijn: yakult, vifit en optimel.
Wanneer je last hebt van je pouch, kan je arts het nodig vinden om een pouchscopie te doen. Het soort onderzoek is vergelijkbaar met de coloscopie, maar is minder belastend omdat het onderzoek met een dunnere scoop wordt gedaan, en er hoeft maar een kleiner stuk te worden bekeken (alleen de pouch).
In zeer sommige gevallen wanneer de pouch niet goed functioneert om wat voor reden dan ook, kan het nodig zijn om de pouch te verwijderen en te kiezen voor een blijvend ileostoma.