Zoals bij elke operatie en ingreep het geval is, zijn er bij de aanleg van de pouch ook kansen op complicaties. Algemene complicaties zijn bijvoorbeeld infectie van de wond en nabloedingen.
Bij de pouch operatie kunnen zich ook specifieke complicaties voordoen. Bijvoorbeeld naadlekkage van de pouch en/of abcesvorming. Aangezien de chirurg in het diepe bekken moet opereren, is er een kleine kans op beschadigingen van zenuwen van de kringspieren, de blaas of van zenuwen die het seksuele gebied verzorgen. Deze kans is groter wanneer de patiënt kanker heeft en daaraan geholpen moet worden. In de meeste gevallen opereert de chirurg in een ‘schoon' en anatomisch afgebakend gebied. Hierdoor kunnen de anatomische structuren goed zichtbaar worden en is de kans op letsel van bloedvaten, zenuwen en urinewegen en de kans op darmbeschadiging het kleinst. Er blijft echter altijd een klein risico op complicaties/letsels bestaan. Deze moeten ruim beneden de 3-4% blijven.
